Nachdem seine Mutter bei einem Luftangriff im zweiten Weltkrieg umgekommen ist, muss der elfjährige Mahito Tokio verlassen. Er zieht zu seinem Vater und dessen neuer Frau in ein altes Herrenhaus, das sich auf einem riesigen Landgut befindet. Isoliert von der Welt, beginnt Mahito, die verzauberten Landschaften, die sein neues Zuhause umgeben, zu erforschen und begegnet einem mysteriösen Graureiher, der hartnäckig an seiner Seite bleibt. Nach und nach wird der Reiher zu seinem Führer und hilft ihm, die Welt um ihn herum besser zu verstehen und die Geheimnisse des Lebens zu lüften.

Oberösterreich im Jahr 1750: Ein Karpfenteich reflektiert das Grau des Himmels. Ein tiefer, dunkler Wald schluckt das Sonnenlicht. Eine Hingerichtete wird auf einem Hügel zur Schau gestellt. Zum Beweis. Als Warnung. Ein Omen? Die tiefreligiöse und hochsensible Agnes betrachtet die tote Frau mit Mitleid. Auch mit Sehnsucht, denn sie fühlt sich fremd in der Welt ihres Mannes Wolf, in die sie frisch eingeheiratet hat. Eine gefühlskalte Welt voller Arbeit, Verrichtungen und Erwartungen. Immer mehr zieht sich Agnes zurück. Immer enger wird ihr inneres Gefängnis, immer erdrückender ihre Melancholie. Ein Gewaltakt scheint ihr bald der einzige Ausweg.